エヴァ3号機の悲劇はなぜ起きた？トウジとアスカを分けた残酷な真相
エヴァ3号機の悲劇を理解する上で、まず押さえるべきはネルフ本部が置かれていた地政学的・技術的背景です。事の発端は、米国ネバダ州に存在したネルフ第2支部において、エヴァ4号機へのS2機関搭載実験中に発生した松代起動実験爆発事故に先立つ「米国支部消滅事故」でした。半径89キロメートルが一瞬にして消失する惨事を受け、米国政府は保管されていた3号機の所有権を放棄し、日本本土への無償譲渡という形で厄介払いを決断します。
長野県松代の第2実験場へ移送された3号機は、極秘裏に起動実験へと回されました。しかし、輸送中の雷雲を通過した際、すでに第13使徒バルディエル（新劇場版では第9使徒侵食）の侵入を許していたのです。従来の使徒のように明確な外形を持たず、粘液状あるいは微小な細菌のように機体の生体組織へ入り込む「侵食型」の敵に対し、ネルフの防壁は無力でした。
松代研究所での起動実験開始と同時に、3号機の制御システムは使徒に乗っ取られ、周囲を巻き込む大爆発を引き起こします。自律歩行を開始した3号機は、もはや汎用ヒト型決戦兵器ではなく、完全な使徒そのものでした。パイロットを閉じ込めたまま使徒と化した機体を迎え撃つべく出撃させられた初号機とシンジを待っていたのは、碇ゲンドウによる冷酷極まりないダミーシステム発動の決断でした。
